José Manuel da Costa Alves Marques licenciou-se em Engenharia Informática pela Universidade Nova de Lisboa em 1977 na sequência dos 3 primeiros anos em Engenharia Eletrotécnica no IST. Este curso num formato estilo Bolonha foi o primeiro em Engenharia Informática do país. Com uma bolsa do Governo francês doutorou-se no Institut Nationale Polytechnique de Grenoble em Arquitetura de Computadores em 1980. Efetuou a Agregação no Instituto Superior Técnico em 1988.

Na sequência do doutoramento ficou ligado a empresas de conceção de VLSI em França, mas um contacto com o Prof. Tribolet, que estava a montar a estrutura do INESC, redundou em que voltasse a Portugal e fosse o primeiro funcionário do INESC.

Em 1981 iniciou a sua atividade no Instituto Superior Técnico. Com a experiência letiva da UNL e do doutoramento foi proponente do perfil de Computadores do Mestrado em Engenharia Eletrotécnica e de Computadores (MEEC), em 1982. Este perfil introduziu um conjunto de disciplinas de base do ensino da engenharia informática no Técnico. 

Proponente em 1989 da Licenciatura em Engenharia Informática e de Computadores (LEIC) com contribuições de vários Departamentos, em particular do DEM e DM, mas cujo núcleo de disciplinas central resultou do perfil de computadores do MEEC. 

Criou a área científica de Arquitetura e Sistemas Operativos que se manteve como um dos pilares de formação do ensino da engenharia informática. Entre numerosas unidades disciplinares criadas e lecionadas destaque para as disciplinas de Sistemas Operativos e Sistemas Distribuídos, em ambas foram escritos livros didáticos em colaboração com vários docentes da área. Mais recentemente, foi criado um MOOC para sistemas operativos cobrindo toda a cadeira, um veículo experimental para disciplinas do técnico utilizando tecnologias digitais 

No INESC foi Diretor Nacional de 1990 a 2000, responsável pela Área de Computadores e Informática. A partir de 1991, concebe e coordena um conjunto vasto de infraestruturas tecnológicas de transferência de tecnologia informática financiadas pelo programa PEDIP.

Administrador da AITEC - Tecnologias de Informação, SA de março 90 até ao presente. A AITEC foi responsável pela criação de mais de 60 empresas de Base Tecnológica nas áreas das Tecnologias de Informação e Eletrónica, constituindo um caso singular no capital semente em Portugal.

Foi membro fundador e proponente da constituição do Departamento de Engenharia Informática (DEI) em 1997. Liderou os trabalhos preparatórios em 1997 e durante o 1º semestre de 1998 as negociações e ajustes que terminou em Junho de 1998 com a aprovação pela Coordenadora do Conselho Científico, iniciando-se a atividade do novo Departamento no ano letivo de 98/99.

Presidente do Conselho de Administração da Link Consulting desde a sua criação em 1999 até ao presente. Esta empresa que se coloca entre as empresas de Consultadoria nacionais com maior intervenção tecnológica nos domínios das tecnologias de informação prolonga uma atividade de Inovação em estreita ligação com o mercado a que sempre esteve ligado.

A 29 de outubro de 2024 foi agraciado com a insígnia de Professor Emérito da Universidade de Lisboa.